2018年11月～12月，全省12条主要河流143个水质评价断面总体水质为优。Ⅰ类～Ⅲ类比例为93.7％，同比提高4.2个百分点；Ⅰ类～Ⅱ类比例为56.6％，同比提高8.3个百分点。各类水质具体比例如下：Ⅰ类占4.2％，Ⅱ类占52.4％，Ⅲ类占37.1％，Ⅳ类占4.9％，Ⅴ类占1.4％，无劣Ⅴ类。

12条主要河流中，闽江、萩芦溪、交溪、霍童溪、敖江、晋江、汀江和东溪等8条河流水质为优，九龙江、木兰溪和漳江等3条河流水质为良好，龙江水质为轻度污染。

143个评价断面中，古田黄田、闽清雄江、上坂、南靖安后、河口、三江口、福清倪浦桥、福清海口桥和云霄高塘渡口等9个断面水质未达到Ⅲ类水质标准，主要超标项目为溶解氧、总磷和氨氮等。